Công ty Cổ phần Môi trường và Công trình Đô thị Huế được chuyển đổi từ Công ty TNHH Nhà nước MTV Môi trường và Công trình Đô thị Huế theo Quyết định số 2728/QĐ-UBND ngày 26 tháng 12 năm 2014 của UBND tỉnh Thừa Thiên Huế. Công ty TNHH Nhà nước Môi trường và Công trình Đô thị Huế được chuyển đổi từ doanh nghiệp Nhà nước Công ty Môi trường và Công trình Đô thị Huế theo Quyết định số 4041/QĐ-UBND ngày 29 tháng 11 năm 2005 của UBND tỉnh Thừa Thiên Huế.

Tiền thân của Công ty là Phòng Công trình Công cộng và Quản lý Nhà đất, được thành lập ngay sau ngày miền nam giải phóng, năm 1985 được chuyển đổi thành Công ty Quản lý Công trình Đô thị Huế và đến năm 1991 chuyển đổi thành Trung tâm Quản lý Vệ sinh Môi trường Đô thị Huế.